溶劑清洗是氣相毛細管色譜柱保養的一個重要方法，可以去除多數的殘留，恢復色譜柱的分離效能。

警告！只有使用交聯固定相的毛細管柱才能夠經受大量溶劑的清洗！

清洗過程首先需要再毛細管柱產生10-15Psi的壓阻，然后加壓使一瓶清洗溶劑通入色譜柱中，多數的色譜柱供應商和GC設備制造商提高溶劑清洗工具。

為了達到清洗目標的，有時需要一組溶劑連續清洗。清洗以強極性溶劑開始，以弱極性溶劑結束，使用中還可以考慮引入樣品溶劑。在一組溶劑的清洗過程中，一定要請注意相鄰兩種溶劑之間互溶，清洗水溶性樣品的殘留時，先以水開始后用甲醇清洗。

使用ECD檢測器，最后的清洗避免使用含有鹵素的溶劑；使用NPD檢測器，最后的清洗避免使用乙腈、甲醇、二氯甲烷、正己烷的組合是一個很有效的清洗溶劑組。

每一種溶劑都需要再色譜柱中停留至少10分鐘，后一種溶劑進入色譜柱前，并不需要將前一種溶劑清除干凈。但是，當清除全部結束后，清洗干凈的色譜柱在安裝到設備上之前，需通入載氣約10分鐘，然后以2℃/min的升溫程序將溫度升到正常的柱活化溫度，再活化色譜柱。