雖然，在檢測分析中使用了昂貴的、性能優越的高檔液相色譜分析儀器，但是，由于在樣品的前處理，標準溶液的制備，樣品液的測定，分析中的污染，儀器常見故障等問題上的不注意，而引起大的系統誤差，使整個測定分析失敗。

一、液相色譜圖中出現無關的峰,原因有可能是樣品過濾器帶來污染,解決方法如下:

1.將過濾器浸泡在樣品溶劑中并進樣試驗

2.改變過濾器類型

3.采用交替清洗技術

二、一些或全部化合物的峰比預期的小,尤其是低濃度的樣品,原因可能是樣品過濾器表面吸附下降,解決方法如下

1.改變過濾器類型

2.嚴格按相同條件處理所用樣品

3.采用交替清洗技術

三、收率太低或差,原因可能是萃取不完全,解決方法如下:

1.增加萃取時間,使用熱溶劑

2.修改清洗方法

四、色譜峰變寬,柱壽命縮短,原因可能是樣品帶來的干擾與污染,應改進清洗方法。

五、精度差,原因可能是回收不完全,解決方法如下:

1.改進或替換衍生化、分離、萃取或其他條件

2.用自動化處理裝置提高精度

除了液相色譜分析儀器保養，色譜柱子的維護，按照正規程序操作。還要保持實驗室環境的干凈整潔，這樣才能最最大化減少儀器發生故障的幾率。