隨著質(zhì)譜技術(shù)以及色譜與質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的快速發(fā)展，蛋白質(zhì)組學(xué)分析技術(shù)在未知蛋白質(zhì)的鑒定、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的解析、靶向蛋白質(zhì)定量、以及生物技術(shù)藥物研發(fā)、質(zhì)量控制和體內(nèi)藥代動力學(xué)研究方面應(yīng)用越來越廣泛。

藥典委擬制定《中國藥典》蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法及應(yīng)用指導(dǎo)原則，并于2024年2月20日發(fā)布第一版公示稿并征求意見。

為確保標(biāo)準(zhǔn)的科學(xué)性、合理性和適用性，現(xiàn)將擬增訂的蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法及應(yīng)用指導(dǎo)原則（第二次）公示征求社會各界意見（詳見附件）。公示期自發(fā)布之日起一個月。

蛋白質(zhì)組學(xué)分析基本流程主要包括：1. 蛋白樣品的提取，變性還原，酶解與多肽分離富集；2. 多肽的分析與鑒定；3. 數(shù)據(jù)分析。在分離和富集中采用凝膠電泳和色譜技術(shù)，分析與鑒定中采用質(zhì)譜、二維凝膠電泳、X射線分析、核磁共振波譜和透射電子顯微鏡技術(shù)。

蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法及應(yīng)用指導(dǎo)原則第二次公示稿

修改說明 

根據(jù) 2024 年 2 月蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法及應(yīng)用指導(dǎo)原則第一次公示稿的反饋 意見和建議，國家藥典委員會相關(guān)專業(yè)委員會進(jìn)行了研討，在第一次公示稿的基 礎(chǔ)上修訂了部分內(nèi)容，主要為：

一、適用范圍

1. 將文中“蛋白”修改為“蛋白質(zhì)”。

二、蛋白質(zhì)組學(xué)的分析策略 

1. 將“通過質(zhì)譜分析技術(shù)檢測到肽指紋圖譜進(jìn)行多肽的鑒定和定量分析” 修改為“通過質(zhì)譜分析技術(shù)檢測肽段一級與二級譜圖進(jìn)行多肽的鑒定和定量分 析”。

2. 將文中“圖譜”修改為“譜圖”。

三、蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法 

1.“2.1 質(zhì)譜技術(shù)”增加其他質(zhì)譜碎裂技術(shù)，修訂為：“蛋白質(zhì)組樣品經(jīng)過提 取、分離富集或者進(jìn)一步變性還原、酶切、多肽分離富集處理后，選擇適宜的分 離系統(tǒng)導(dǎo)入離子源離子化，電離生成帶電荷離子，離子通過碰撞誘導(dǎo)解離 （Collision induced dissociation, CID）、高能碰撞誘導(dǎo)解離 High energy collision dissociation, HCD）、電子活化解離（Electron activated dissociation，EAD）或其 它適宜的解離技術(shù)進(jìn)行碎片化，后在加速電場的作用下形成離子束進(jìn)入質(zhì)量分析 器，通過質(zhì)量分析器分離和過濾不同質(zhì)核比的離子，過濾后的離子最終經(jīng)檢測系 統(tǒng)轉(zhuǎn)換為可測量的信號，從而得到質(zhì)譜圖，以獲得蛋白質(zhì)的相關(guān)信息”。 

2. 將文中“質(zhì)核比”修改為“質(zhì)荷比”。 

3. 將“數(shù)據(jù)庫檢索對肽段碎裂質(zhì)譜譜圖和數(shù)據(jù)庫中的理論序列譜圖進(jìn)行匹 配，實(shí)現(xiàn)肽段鑒定”修改為“質(zhì)譜數(shù)據(jù)文件的數(shù)據(jù)庫檢索對肽段碎裂質(zhì)譜譜圖和 數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)計算機(jī)模擬消化肽段碎裂模式進(jìn)行匹配，以進(jìn)行肽段鑒定”。

4. 將“肽譜圖匹配（peptide spectrum matching，PSM）”，“肽譜圖匹配 （peptide-spectrum matches，PSM）”，統(tǒng)一為“肽段譜圖匹配 (peptide-spectrum matches, PSMs)”。 

5. 將“統(tǒng)計學(xué)分析（如 p 值）”修改為“統(tǒng)計學(xué)指標(biāo)（如 p 值）”。  2024 年 6 月 與第一次公示稿比較，修改處加橙色標(biāo)記 

四、蛋白質(zhì)組學(xué)分析的質(zhì)量控制 

1. 在表 1 中增加樣品處理中酶解漏切率、酶解位點(diǎn)特異性等 QC 評價指標(biāo) 及描述；增加色譜分析中峰寬和半峰寬等 QC 評價指標(biāo)及描述；增加質(zhì)譜分析中TIC 圖等 QC 指標(biāo)及描述。

2. 調(diào)整儀器性能參數(shù)的描述順序。將“建議結(jié)合儀器的性能進(jìn)行設(shè)置，例 如可將兩個參數(shù)均設(shè)置為 20ppm，也可以將母離子質(zhì)量誤差設(shè)置為 10ppm，子離 子質(zhì)量誤差設(shè)置為 0.02Da”修改為“建議結(jié)合儀器的性能設(shè)置質(zhì)量誤差，如將母 離子質(zhì)量誤差設(shè)置為 10 ppm，子離子質(zhì)量誤差設(shè)置為 0.02 Da，也可將兩個參數(shù) 均設(shè)置為 20 ppm”。

3. 將“鑒定的蛋白質(zhì)應(yīng)具有至少 70%的覆蓋率，即被鑒定的多肽的氨基酸 序列覆蓋蛋白質(zhì)氨基酸序列的百分比，70%的蛋白覆蓋率可提高鑒定結(jié)果的可信 度和全面性”修改為“蛋白質(zhì)覆蓋率是指被鑒定的多肽的氨基酸序列覆蓋蛋白質(zhì) 氨基酸序列的百分比，70%及以上的蛋白質(zhì)覆蓋率可提高鑒定結(jié)果的可信度和全 面性”。